学 位：博士
导师情况：博士生导师
研究领域：生物信息学
研究方向：
1) 微生物组分析方法的发展(方法学小组)；
2) 重大慢病（脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病）的病理研究及药物开发(疾病微生物小组)；
3) 真核细胞功能起源(环境微生物小组);
4) 中药复方多靶点机制及优化研究(中药现代化小组)
课题组网站：cadd.tongji.edu.cn
E-mail：rxzhu@tongji.edu.cn
个人简介
朱瑞新博士现任同济大学生命科学与技术学院生物信息系教授、博士生导师。兼任同济大学附属第十人民医院特聘研究员。2001年毕业于兰州大学化学化工学院，获化学学士学位。2007年毕业于中国科学院上海有机化学研究所，获计算机化学博士学位。2007-2008年在上海生物信息技术研究中心从事科研工作。2008年至今在同济大学生命科学与技术学院从事教学和科研工作。以第一或通讯作者身份(含并列)在包括Nature Microbiology, Nature Ecology & Evolution, Nature Protocols, Nature Communications和Cell Reports Medicine等知名期刊发表SCI论文74篇（截止到2024年5月）。主编出版了国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材：《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》（朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3）。任期刊Frontiers in Pharmacology(IF=5.81)和Frontiers in Microbiology(IF=5.64)副主编。同时，为以下期刊担任审稿：Nature Medicine, Nature Microbiology, Signal Transduction and Targeted Therapy, Briefings in Bioinformatics, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Journal of Chemical Information and Modeling, Bioinformatics, Journal of Cheminformatics, BMC Bioinformatics, RSC Advances, Chemical Biology & Drug Design, Cellular and Molecular Life Sciences, Journal of Ethnopharmacology, Journal of Genetics and Genomics等。现主持国家自然科学基金面向项目1项（疾病微生物，2022-）、国家重点研发计划子任务1项（IT & BT，2022-）、国家自然科学基金重大研究计划集成项目子课题1项（微生物大数据平台建设，2023-）。已培养出2名独立PI（浙江大学、复旦大学）。
研究方向(详情参考cadd.tongji.edu.cn)
微生物与人及环境的互作共同维持着人的健康及地球的生态平衡；微生态的紊乱则会诱发各类疾病及导致地球生态环境的恶化。随着高通量测序，特别是混合样测序(如宏基因组/转录组/蛋白质组/代谢组等)的诞生，全面而深入研究微生物在重大慢病中的致病机制、潜在靶点，以及相关转化医学研究已成为可能；环境修复和生态改造领域也受益于这些研究成果。我们课题组致力于生物信息驱动的微生物组相关研究，尤其擅长于微生物组相关算法开发以及微生物与宿主或环境互作分析。此外，我们课题组还一直奋斗在实现中药现代化的伟大征途中，擅长于中药复方多靶点机制及优化研究。主要在研课题有：
1. 微生物组分析方法的发展及平台的建设(方法学小组)
(1)微生物组分析平台的建设
服务于国家水圈微生物数据密集型研究。已完成16s RNA 和宏基因组数据分析在线平台：https://www.biosino.org/iMAC/index ；微生物标志物多队列整合分析平台：https://www.biosino.org/xmarkerfinder/ 。
(2) 基于因果推理的互作分析及“关键菌种(Keystone species)”确定研究
开发基于因果推理的微生物相互作用关系重构方法，进一步确定微生态紊乱的关键菌种。
2. 重大慢病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)的病理研究及药物开发(疾病微生物小组)
(1) 阐述重大慢病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)发病机制
从宿主、微生物及两者相互作用三个层面系统研究重大慢病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)的发病机制，为后续药物研发确定靶标。
近年来，本团队尤其致力于开发液态活检靶标，实现癌症及慢性病的早筛或动态监控。
(2) 从深海代谢产物和中药资源中开发相关的治疗药物
综合运用合成生物学、虚拟筛选、有机合成和药理测试开发重大疾病(脂肪肝、肝癌、炎性肠病、结直肠癌、心衰和泌尿系统疾病)治疗和预防药物或保健品。
3. 真核细胞功能起源(环境微生物小组)
(1) 系统发育树重构算法研究
系统地解决Metagenome-assembled genome(MAG)质控、Long branch attraction (LBA)/ Guanine-cytosine content(GC-content)等引起的算法灾难、和多组学发育树融合等瓶颈问题，提升系统发育树重构算法准确率。
(2) 真核细胞功能的进化途径
整合系统发育树和功能代谢分析，重现真核细胞复杂功能的演化史。
4. 中药复方多靶点机制及优化研究(中药现代化小组)
(1) 中药复方多靶点、多机制的定量研究
开发“通路模块化算法”，实现中药复方多靶点多机制的规范研究。
(2) 中药复方效应成分研究
发展“通路定量分析方法”，据此开展复方及其效应成分机制的比较研究，实现中药复方的优化。
主持的科研项目
1. 2023-2024，国家自然科学基金重大研究计划集成项目(编号: 92251307)第二课题
2. 2022-2024，国家重点研发计划(编号: 2021YFF0703700/2021YFF0703702)子任务
3. 2022-2025，国家自然科学基金(编号: 82170542)
4. 2018-2021，国家自然科学基金(编号: 81774152)
5. 2016-2019，上海市自然科学基金-探索类项目(编号: 16ZR1449800)
6. 2015-2016，中央高校基本科研业务费专项资金-跨学科交叉项目(编号: 10247201546)
7. 2013-2015，国家自然科学基金(编号: 31200986)
8. 2013-2014，中央高校基本科研业务费专项资金-英才计划(编号: 2000219083)
9. 2010-2012，教育部高等学校博士学科点专项科研基金(编号: 2010-0072120050)
10. 2008-2009，同济大学青年优秀人才培养行动计划(编号: 2008KJ073)
11. 2007-2010，上海市自然科学基金项目(编号: 07ZR14085)
代表性论文
1. Wanning Chen$, Yichen Li$, Wenxia Wang$, Sheng Gao, Jun Hu, Bingjie Xiang, Dingfeng Wu, Na Jiao, Tao Xu, Min Zhi*, Lixin Zhu*, Ruixin Zhu* (2024). Enhanced microbiota profiling in patients with quiescent Crohn's disease through comparison with paired healthy first-degree relatives. Cell Reports Medicine, https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2024.101624.(Highlighted in Cell Reports Medicine)
2. Na Jiao*, Lixin Zhu*, Ruixin Zhu*. (2024). The search for authentic microbiome–disease relationships. Nature Medicine, https://doi.org/10.1038/s41591-024-02920-z. (Invited & Featured)
3. Wenxing Gao#, Weili Lin#, Qiang Li#, Wanning Chen, Wenjing Yin, Xinyue Zhu, Sheng Gao, Lei Liu, Wenjie Li, Dingfeng Wu, Guoqing Zhang*, Ruixin Zhu*, Na Jiao*. (2024). Identification and validation of microbial biomarkers from cross-cohort datasets using xMarkerFinder, Nature Protocols, https://doi.org/10.1038/s41596-024-00999-9.
4. Xiang Gao#, Ruicong Sun#, Na Jiao#, Xiao Liang, Gengfeng Li, Han Gao, Xiaohan Wu, Muqing Yang, Chunqiu Chen, Liang Chen, Wei Wu, Zhong Li, Yingzi Cong, Ruixin Zhu*, Tiannan Guo*, Zhanju Liu*. (2023). Integrative multi-omics deciphers the spatial characteristics of host-gut microbiota interactions in Crohn’s disease. Cell Reports Medicine, 4 (6), 101050. DOI: https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2023.101050.
5. Dingfeng Wu#, Lei Liu#, Na Jiao#, Yida Zhang, Li Yang, Chuan Tian, Ping Lan, Lixin Zhu*, Rohit Loomba*, and Ruixin Zhu*. (2022). Targeting Keystone Species Helps Restore the Dysbiosis of Butyrate‐Producing Bacteria in Nonalcoholic Fatty Liver Disease. iMeta, e61.https://doi.org/10.1002/imt2.61.
6. Ning-Ning Liu #, Na Jiao #, Jing-Cong Tan #, Ziliang Wang #, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Jie Chen, Liwen Tao, Chenfen Zhou, Wenjie Fang, Io Hong Cheong, Weihua Pan, Wanqing Liao, Zisis Kozlakidis, Christopher Heeschen, Geromy G. Moore, Lixin Zhu *, Xingdong Chen *, Guoqing Zhang *, Ruixin Zhu *, Hui Wang *. (2022). Multi-kingdom microbiota analyses identify bacterial-fungal interactions and biomarkers of colorectal cancer across cohorts. Nature Microbiology, 7: 238–250. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-021-01030-7. ESI高被引论文
7. Yuanqi Wu #, Na Jiao #, Ruixin Zhu *, Yida Zhang, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Sa Fang, Liwen Tao, Yichen Li, Sijing Cheng, Xiaosheng He,Ping Lan, Chuan Tian *, Ning-Ning Liu *, Lixin Zhu *. (2021). Identification of microbial markers across populations in early detection of colorectal cancer. Nature Communications, 12 (1), 3063. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23265-y. ESI高被引论文
8. Dingfeng Wu #, Wenxing Gao #, Xiaoyi Li #, Chuan Tian, Na Jiao, Sa Fang, Jing Xiao, Zhifeng Xu, Lixin Zhu, Guoqing Zhang, Ruixin Zhu *. (2021). Dr AFC: drug repositioning through anti-fibrosis characteristic. Briefings in Bioinformatics. Volume 22, Issue 3, May 2021, bbaa115. DOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbaa115.
9. Lu Fan #*, Dingfeng Wu #, Vadim Goremykin #, Jing Xiao, Yanbing Xu, Sriram Garg, Chuanlun Zhang, William F. Martin *, Ruixin Zhu *. (2020). Phylogenetic analyses with systematic taxon sampling show that mitochondria branch within Alphaproteobacteria. Nature Ecology & Evolution, 4 (9), 1213-1219. DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-020-1239-x.
10. Na Jiao, Susan S Baker *, Adrian Chapa-Rodriguez, Wensheng Liu, Colleen A Nugent, Maria Tsompana, Lucy Mastrandrea, Michael J Buck, Robert D Baker, Robert J Genco, Ruixin Zhu *, Lixin Zhu *. (2018). Suppressed Hepatic Bile Acid Signaling Despite Elevated Production of Primary and Secondary Bile Acids in NAFLD. Gut, 67 (10), 1881-1891. ESI高被引论文
主编教材
《计算机辅助药物设计：基本方法原理概要与实践详解》，朱瑞新编著，大连理工大学出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3。
（国内“计算机辅助药物设计”第一本本科生专业教材，获同济大学首届本科生优秀教材奖）
教学情况
1. 2020-, 宏基因组学(生命科学、医学、药学、地球科学和环境科学等专业)
2. 2015-2017，计算基因组学(生物信息专业)
3. 2014-2015，生物信息学II(拔尖班)
4. 2011-2014，生物信息学实验(生物技术专业)
5. 2010-，课程设计(生物信息专业)
6. 2009-，计算机辅助药物设计(生物信息专业)
获得荣誉
1. 2022年，入选《同济大学2021年国际合作论文100篇汇编》。
2. 2021年，同济大学优秀硕士学位论文指导教师。
3. 2019年，同济大学优秀博士学位论文指导教师。
4. 2019年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。
5. 2018年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。
6. 2017年，同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀科研工作者”。
7. 2017年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，再次蝉联)。
8. 2016年，同济大学“优秀本科生教材二等奖”。
9. 2016年，同济大学“优秀毕业设计指导教师”(生物信息专业唯一名额，蝉联)。
10. 2015年，同济大学生命科学与技术学院“先进工作者”。
11. 2015年，同济大学生命科学与技术学院“年度考核优秀教师”。
12. 2015年，同济大学年度考核被评为“校优”(排名第一)。
13. 2015年，同济大学“优秀毕业设计指导教师” (生物信息专业唯一名额)。
14. 2012年，同济大学“教学奖二等奖”。
15. 2012年，同济大学“优秀青年教师优青计划” (英才计划)。
16. 2012年，同济大学生命科学与技术学院首届“教学贡献奖二等奖”。
17. 2010年，首届同济大学“优秀青年教师培育计划” (英才计划)。
